在飲料，果汁等過程中，臭氧水可用于管路、設備及盛裝容器的浸泡和沖洗，從而達到消毒滅菌的目的。采用這種浸泡、沖洗的操作方法，一是管路、設備及盛裝容器表面上的細菌、病毒大量被沖淋掉；二是殘留在表面上的未被沖走的細菌、病毒被臭氧殺死，非常簡單省事，而且在中不會產生死角，還完全避免了中使用化學消毒劑帶來的化學毒害物質排放及殘留等問題。另外，利用臭氧水對設備的消毒滅菌技術結合膜分離工藝、無菌灌裝系統等，在釀造工業中用于醬油、醋及酒類的，可提高產品的質量和檔次。
在食品廠，臭氧氣體用于食品加工間、貯藏室與加工設備消毒是非常方便、有效的。傳統的消毒方法是用甲醛等化學試劑熏蒸，眾所周知，甲醛熏蒸的弊病較多，國外近期研究證明，在控制空氣微生物方面，臭氧是甲醛和其他化學熏劑的替代物。通過化學霧化、紫外線與臭氧作消毒劑的對照試驗，結論是臭氧既有效又無殘留，臭氧“大大抑制”了加工設備大腸桿菌群小球菌和酵母菌的生長。
其方法是：（1）將臭氧發生器直接放在空調凈化系統的風道中稱為內置臭氧發生器。臭氧隨著風道的氣流，送入各潔凈區，對潔凈區進行消毒滅菌，剩余臭氧吸入回風口，由中央空調帶走。（2）可以將臭氧發生器放在中央空調風口的外面，將臭氧打入中央空調的風道中，然后被送入各潔凈區，或采用臺式自帶風機臭氧發生器，多點設計將臭氧散布在潔凈區內，統稱為外置式臭氧發生器。外置式臭氧發生器安裝檢修方便，但制造成本要高一點。（3）采用臭氧發生器連接導氣管和曝氣系統，在車間頂部布設曝氣管網，將臭氧送入潔凈區。幾種方法消毒效果都是一樣的。從使用臭氧進行滅菌的食品廠的檢測報告可看到，菌檢全部合格，完全替代了令人頭痛的甲醛熏蒸大消毒。同時，使非常作業減少，能耗減少，取得了滿意的效果。
